Su obra es caracteritza per una forta visió profètica que li condueix a formular una nova concepció de la història, que competirà amb la teoria de les dues ciutats agustiniana i, junt amb la dita concepció, exercirà una gran influència al llarg de l'Edat Mitjana, sent, al seu torn, origen de nombroses utopies i del moviment joaquinista, conegut com la teoria de l'Evangeli Etern.
La seva concepció de la història, d'estil profètic, part de la consideració de la humanitat com una realitat dinàmica marcada pel trànsit del primer al segon Testamento. Però, així com el primer Testament és un anunci del segon, aquest és l'anunci d'un tercer estadi per venir: el del tercer Testament o edat de l'Esperit Sant. Al seu torn, cadascun d'aquests tres estats apareix com una analogia amb les tres Persones de la Trinidad i amb l'evolució espiritual de la humanitat:
1r) El primer Testament, a través especialment de Cabàs, mostra la glòria del Pare;
2è) el segon, amb Jesucrist, manifesta la glòria del Fill,
3è) i el tercer, anunciat per Joaquín de Fiore, manifestarà la glòria de l'Esperit Sant.
D'aquesta manera, concep la història com un ascens en tres etapes: l'edat del Pare va ser l'edat de la llei, governada per la laboriositat, el treball i el temor; l'edat del Fill ha estat l'edat de l'Evangeli, governada per l'estudi, la disciplina, la fe i la submissió filial; l'edat de l'Esperit serà l'edat governada per la contemplació, l'esperança, l'alegria i la llibertat, i es caracteritzarà per una completa palingenesia. A l'Església jeràrquica li succeirà una Església més espiritualitzada basada en una religió espiritual interior.
Aquesta concepció de la història no cristocéntrica, sinó trinitària, va originar el moviment joaquinista de gran importància en l'història medieval i va exercir gran impacte a la branca més rigorista de l'ordre franciscana. Es tractava d'un moviment renovador de tall religiós i polític abrigat per una teologia profeticoescatològica. A la fi de l'Edat Mitjana, la seva influència es deixa sentir encara en autors com a Dant o Savonarola, i en la teologia i filosofia alemanya. Ja en l'època moderna, s'ha assenyalat la influència de les especulacions de Joaquín de Fiore en autors com Lessing, Schelling, Fichte, Hegel, en la llei dels tres estadis (teològic, metafísic i científic) de Comte, i en les tres etapes històriques fonamentals (comunisme primitiu, societat de classes i comunisme final) que concep el marxisme.
_____________________________________________